Όταν η Λητώ ήταν έτοιμη να γεννήσει τον Απόλλωνα και την Αρτέμιδα, μάταια, έψαχνε έναν τόπο για να τη δεχτεί. Η Ήρα εξαγριωμένη από τα καμώματα του άπιστου συζύγου της, προσπαθούσε να εκδικηθεί με οποιονδήποτε τρόπο την αντίζηλό της και απαγόρευσε σε όλους τους τόπους να την δεχτούν.Η Λητώ περιπλανήθηκε από τη Θράκη μέχρι την Κω, μέχρι που ένας ασήμαντος βράχος που περιπλανιόταν στο Αιγαίο, η Δήλος, αποφάσισε να δεχτεί την κατατρεγμένη εγκυμονούσα. Ο Ποσειδώνας ή ο Δίας στερέωσαν το περιπλανώμενο νησί με διαμαντένιες κολώνες στο βυθό της θάλασσας και η Λητώ περίμενε υπομονετικά 9 μερόνυχτα τη θεά των τοκετών, την Ειλείθυϊα, για να γεννήσει.
Η Ήρα κρατούσε την Ειλείθυϊα φυλακισμένη και χρειάστηκε η επέμβαση των θεών για να μπορέσει να κατέβει στη Δήλο και να βοηθήσει τη Λητώ. Όταν πια κατέβηκε, η Λητώ κρατήθηκε από μια φοινικιά – το μοναδικό δέντρο που υπήρχε στο νησί- και πρώτα γέννησε την Αρτέμιδα και μετά τον Απόλλωνα. Η γέννηση των δύο μικρών θεών πλημμύρησε το νησί με λάμψη και φως και η Δήλος από ένα άσημο και άδηλο -κρυμμένο- νησί στο κέντρο των Κυκλάδων, έγινε ο πιο ιερός τόπος της αρχαιότητας.
Τόσο ιερό θεωρούνταν το νησί αυτό που το 490 π.Χ., κατά τη διάρκεια των Περσικών Πολέμων, ο Πέρσης στρατηγός Δάτις δεν τόλμησε να το αγγίξει, παρότι λεηλάτησε όλες τις Κυκλάδες. Μάλιστα, στρατοπέδευσε στη διπλανή νήσο Ρήνεια και επισκέφθηκε το βωμό του Απόλλωνα στη Δήλο όπου έκαψε λιβανωτό αξίας 300 ταλάντων και αφιέρωσε στο ιερό του Απόλλωνα ένα επίχρυσο αγαλματίδιο του θεού.
Προς το τέλος των Περσικών Πολέμων, οι Ίωνες αποφάσισαν ότι θα πρέπει να ιδρύσουν μια συμμαχία για να αντιμετωπίζουν μελλοντικούς εξωτερικούς κινδύνους. Έτσι, το 478 π.Χ. ιδρύθηκε η “Δηλιακή Συμμαχία”.
Επρόκειτο για μια ένωση 150 ελληνικών πόλεων υπό την κηδεμονία της Αθήνας. Το ταμείο της συμμαχίας διατηρούνταν στη Δήλο και οι τακτικές συναντήσεις των συμμάχων λάμβαναν χώρα στο ναό του Απόλλωνα στο νησί.
Όταν η συμμαχία μετατράπηκε σε Αθηναϊκή ηγεμονία και η Αθήνα άρχισε να χρησιμοποιεί τους συμμάχους της για προσωπικό της πολιτικό και οικονομικό όφελος, το ταμείο μεταφέρθηκε στην Ακρόπολη των Αθηνών, το 454 π.Χ. Η ηγεμονική συμπεριφορά της Αθήνας προς τη Δήλο εκδηλώθηκε το 427 – 426 π.Χ. Τότε, οι Αθηναίοι έλαβαν την απόφαση για “κάθαρση” της Δήλου για λόγους ευσέβειας. Άνοιξαν όλους τους τάφους του νησιού και μετέφεραν όλα τα λείψανα και τα κτερίσματα με βάρκες στη διπλανή Ρήνεια και τα έριξαν σε ένα λάκκο, τον επονομαζόμενο “βόθρο της καθάρσεως”. Μάλιστα, απαγόρευσαν να γεννιέται και να πεθαίνει κανείς στο νησί και τις επιτόκους και τους βαριά άρρωστους τους μετέφεραν κι αυτούς στη Ρήνεια.
Έτσι, οι Δήλιοι έγιναν απάτριδες, αφού ούτε γεννιούνταν ούτε πέθαιναν στη Δήλο.
Οι Αθηναίοι είτε από φόβο, είτε από τύψεις ανέλαβαν περί το 425 – 420 π.Χ. την οικοδόμηση ενός νέου ναού του Απόλλωνα στη Δήλο, από πεντελικό μάρμαρο, έργο του Καλλικράτη. Επρόκειτο για έναν αμφιπρόστυλο ναό δωρικού ρυθμού με 6 στήλες ανά στενή πλευρά. Τα αετώματα του ναού στόλιζαν εντυπωσιακά αγάλματα που απεικόνιζαν την αρπαγή της Ωρειθύιας, της κόρης του βασιλιά της Αθήνας Ερεχθέα, από τον Βορέα.
Στον ιερό χώρο της Δήλου είχαν χτιστεί ακόμα δύο ναοί προς τιμή του Απόλλωνα. Ο αρχαιότερος ήταν πάλι έργο των Αθηναίων, της εποχής του Πεισίστρατου. Χτίστηκε στα τέλη του 6ου αι. π.Χ από πώρινο λίθο και στέγαζε το κολοσσιαίο άγαλμα του θεού που απεικονιζόταν με τη μορφή κούρου, ο οποίος κρατούσε στο ένα χέρι ένα τόξο και στο άλλο τις τρεις Χάριτες ή τρεις από τις Μούσες.
Ο άλλος ναός, ο μοναδικός δωρικός περίπτερος στο ιερό, ήταν έργο των Δηλίων. Άρχισε να χτίζεται στα 476 π.Χ. με χρήματα της Δηλιακής Συμμαχίας, αλλά οι εργασίες διακόπηκαν όταν το ταμείο μεταφέρθηκε στην Αθήνα. Ο ναός έμεινε ανολοκλήρωτος ακόμα και μετά την ανεξαρτητοποίηση της Δήλου από τη Συμμαχία το 315 π.Χ., χρονολογία κατά την οποία έγινε ακόμα μια προσπάθεια για συνέχιση των εργασιών. Ο δρόμος από το λιμάνι, όπου κατέβαιναν οι προσκυνητές, μέχρι την τοποθεσία των τριών ναών του Απόλλωνα στολιζόταν από 9 (μπορεί και 19) μαρμάρινους λέοντες, αφιέρωμα των Ναξίων στον Απόλλωνα: είναι η περίφημη Λεωφόρος των Λεόντων.
Αυτή τη λεωφόρο περπατούσαν τα πλήθη των πιστών που έρχονταν κάθε 5 χρόνια στα Δήλια, τη γιορτή που καθιέρωσαν οι Αθηναίοι μετά την “κάθαρση” και είχε την ίδια σημασία και χαρακτήρα με τα Πύθια στους Δελφούς. Όλοι οι χοροί των νέων, οι μουσικές εκδηλώσεις και οι γυμνικοί αγώνες κατέληγαν στον “Κεράτωνα Βωμό”, το βωμό του Απόλλωνα που κατα την παράδοση κατασκεύασε ο θεός από τα αριστερά κέρατα των αιγών που κυνηγούσε η Άρτεμις στον Κύνθο, το βουνό της Δήλου. Αυτό που απομένει σήμερα από εκείνο το θεϊκό βωμό είναι τα "λείψανα" ενός αψιδωτού κτίσματος γύρω του, που θεωρείται ότι τον προστάτευε και ίσως φύλαττε όλο το φως και τη λάμψη που προσέδωσε σε αυτό τον άσημο τόπο ο θεός της νεότητας και της τέχνης, ο Απόλλωνας.