Το νησί έχει τρεις βασικούς οικισμούς: το Μερσίνι, που είναι το λιμάνι του νησιού, τη Χώρα και τη Μεσσαριά. Η Χώρα της Σχοινούσας βρίσκεται πάνω σε ύψωμα και απέχει μόλις 1 χλμ. από το λιμάνι. Χάρη στη θέση της, προσφέρει θέα σε εκπληκτικα τοπία ενώ η ίδια είναι κουκλίστικη με τα χαρακτηριστικά κυκλαδίτικα σπιτάκια πνιγμένα στους βασιλικούς και τις μπουκαμβίλιες. Εδώ αξίζει να επισκεφτείτε το Λαογραφικό Μουσείο Σχοινούσας και την Παναγία την Ακαθή, στην οποία βρίσκεται η εικόνα της Παναγίας του Ακάθιστου Ύμνου. Ενδιαφέρον, επίσης, έχει το μικρό κάστρο στην περιοχή Φουντάνα.
Το απάνεμο Μερσίνι, κρυψώνα κάποτε των πειρατών, σήμερα αποτελεί ένα από τα ασφαλέστερα καταφύγια μικρών σκαφών σε ολόκληρο το Αιγαίο.
Τέλος, η μικρούλα Μεσαριά, περιτριγυρισμένη από καρπερούς μπαξέδες και αμπελάκια, βρίσκεται γύρω στα 3 χλμ. βορειοανατολικά του λιμανιού, πολύ κοντά στις παραλίες Ψιλή Άμμος και Φυκιό. Μην παραλείψετε να επισκεφτείτε την εκκλησία του Ευαγγελισμού και τους όμορφους ανεμόμυλους του νησιού.
Στους δυο αυτούς οικισμούς θα χαρείτε και θα θαυμάσετε την παραδοσιακή κυκλαδίτικη αρχιτεκτονική και θα απολαύσετε τον καφέ και το φαγητό σας στα παραδοσιακά καφενεία και τις ταβέρνες του νησιού με τοπικά εδέσματα και συνταγές.
Η Σχοινούσα διατηρεί ζωντανή μια σημαντική πολιτιστική παράδοση που μένει αξέχαστη στους τυχερούς επισκέπτες της. Ξεχωρίζουν το μεγάλο πανηγύρι της Παναγίας της Ακαθής, την τελευταία Παρασκευή των Χαιρετισμών, και της Παναγίας, τον Δεκαπενταύγουστο, του Αγίου Νικολάου, στις 6 Δεκεμβρίου και του Ευαγγελισμού, στις 25 Μαρτίου. Στα πανηγύρια προσφέρονται νόστιμα τοπικά φαγητά, ενώ τα παραδοσιακά μουσικά όργανα και οι χοροί κρατούν αμείωτο το κέφι μέχρι το πρωί. Στα τέλη Ιουνίου πραγματοποιείται στο νησί η Γιορτή Φάβας, ένα διήμερο με εκδηλώσεις γευσιγνωσίας, παρουσιάσεις τοπικών παραδόσεων, αλλά και πολύ γλέντι!